Barwa wody może być bardzo różna. Zależy ona od warunków oświetlenia, głębokości morza, ilości i składu substancji rozpuszczonych i zawieszonych, ilości i składu gatunkowego planktonu. Niektóre morza zostały nazwane właśnie od dominującej barwy wody (Żółte, Czerwone, Czarne, Białe). Świecenie morza jest spowodowane wydzielaniem przez niektóre organizmy energii w postaci światła widzialnego (bioluminescencja). Właściwość taką posiadają niektóre bakterie i glony, na przykład nocoświetlik.